日本地球化学会は，会員すべてのみなさんに支えられています。予算・決算をはじめ会則の改定等の重要な事項は，「総会」によって承認されます。具体的な運営に関する決定は「理事会」によりなされます。その理事会の運営をスムーズに行うために「幹事会」が構成されています。また，別に「各種委員会」も設置し，特別な議題（受賞者決定等）について理事会に提案する仕組みとなっています。
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2023年9月22日総会の承認以降，2025年総会までの2年間は，以下の組織図のとおりです。
| 理事会 |
|---|
| 飯塚 理子 |
| 板井 啓明 |
| 上野 雄一郎 |
| 太田 充恒 |
| 小川 奈々子 |
| 黒田 潤一郎 |
| 小畑 元 |
| 癸生川 陽子 |
| 小木曽 哲 |
| 白井 厚太朗 |
| 瀬戸 繭美 |
| 高橋 嘉夫 |
| 橘 省吾 |
| 角皆 潤 |
| 平田 岳史 |
| 古川 善博 |
| 堀 真子 |
| 丸岡 照幸 |
| 南 雅代 |
| 山口 瑛子 |
| 山本 順司 |
| 横山 哲也 |
| 若木 重行 |
| JpGUプログラム委員 |
|---|
| 若木 重行 |
| 石野 咲子 |
| 安藤 卓人 |
| 役員（幹事会） |
|---|
| 会長 | 高橋 嘉夫 |
| 副会長 | 横山 哲也 |
| 副会長 | 南 雅代 |
| 庶務幹事 | 山口 瑛子 |
| 総務幹事 | 板井 啓明 |
| 会計幹事 | 豊田 栄 |
| 企画幹事 | 若木 重行 |
| 会員幹事 | 太田 充恒 |
| 広報幹事 | 山本 順司 |
| 国際幹事 | 上野 雄一郎 |
| 出版幹事 | 丸岡 照幸 |
| 地球化学編集委員長 | 田中 万也 |
| Geochemical Journal編集委員長 | 鈴木 勝彦 |
| 庶務委員会 |
|---|
| 委員長 山口 瑛子 |
| 板井 啓明 |
| 黒田 潤一郎 |
| 豊田 栄 |
| 堀 真子 |
| 広報委員会 |
|---|
| 委員長 山本 順司 |
| 飯塚 理子 |
| 小畑 元 |
| 黒田 潤一郎 |
| 小木曽 哲 |
| 白井 厚太朗 |
| 瀬戸 繭美 |
| 国際対応委員会 |
|---|
| 委員長 上野 雄一郎 |
| 副委員長 横山 哲也 |
| 鍵 裕之 |
| 橘 省吾 |
| 谷本 浩志 |
| 張 勁 |
| 服部 祥平 |
| 原田 尚美 |
| 平田 岳史 |
| 益田 晴恵 |
| 将来計画委員会 |
|---|
| 委員長 横山 哲也 |
| 板井 啓明 |
| 小畑 元 |
| 癸生川 陽子 |
| 長島 佳菜 |
| 仁木 創太 |
| 日比谷 由紀 |
| 堀川 恵司 |
| 企画委員会 |
|---|
| 委員長 若木 重行 |
| 鏡味 沙耶 |
| 小坂 由紀子 |
| 福士 圭介 |
| 宮嶋 佑典 |
